MS06-051の修正プログラムを適用すると、ターミナル・サーバで複数のユーザーが利用している環境で、いくつかのアプリケーションに含まれる特定のDLLをロードする際に問題が生じるようになる:Hotfix Report BBS

Having a problem with KB917422 update and some proprietary softwareが元ネタだそうで...
iniファイルの読み出しに不具合が生じているものもあるようなので、もし、同様の不具合が発生している場合は、
MS06-051のアンインストールを試みた後に状況を確認してみてはいかがでしょうか。

Windows カーネルの脆弱性により、リモートでコードが実行される (917422) (MS06-051)をアンインストールした場合、
緩和策、回避策を行って置くようにしましょう。
・「処理されない例外の脆弱性」の回避策 - CVE-2006-3648:
 1. HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Zones\0内の1400のDWORD値を0から3にする。
 2. 電子メール メッセージをテキスト形式で表示するよう設定する