IE9の自動更新はまだちょっとという企業内管理者さん向けツール

「IE9」製品候補版を自動更新で配布、対象はベータ版のユーザー - ニュース:ITproにもこのツールキットの件は記述されていますが、Download details:Toolkit to Disable Automatic Delivery of Internet Explorer 9が2011/2/10にリリースされています。
AD環境の場合は、ADMファイルを使用すればポリシーに組み入れることが可能ですし、AD環境でない場合はBlocker Scriptで以下のレジストリキーを追加することが可能です。

Registry key: HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Internet Explorer\Setup\9.0
Key value name: DoNotAllowIE90

IE9 RC マイナーな変更点リスト - 葉っぱ日記ではせがわさんが変更点リストを翻訳してくださっているのを参考に、社内システム等でまだ検証や改修が終わっていない場合は、不具合が発生する前にブロックしておくことをオススメします。

ちなみに、Internet Explorer 9 Release Candidate available via Automatic Update - IEBlog - Site Home - MSDN Blogs

To install Internet Explorer 9 Release Candidate, click Install. If you choose Ask me later, WU will re-offer Internet Explorer 9 Release Candidate to you during the next update scan. If you choose Don’t Install, WU will not offer Internet Explorer 9 Release Candidate via AU to you again, and Internet Explorer 9 Release Candidate will appear as an optional item on Windows Update.

とあるように、インストールしないを選択してしまえば、後は、IE9RCはWindows Updateのオプションで表示されるようになります。
これは、IE8のときと同様*1の仕様のようです。